中国中医科学院中药研究所成立于1955年12月19日，是国内成立最早的一所国家级研究中药的专门机构。自1983年起被世界卫生组织确认为传统医学合作中心,至今已连任六届。是中药过程控制国家工程实验室建设单位。设有中药理论与本草文献研究中心、生药研究中心、中药质量标准研究中心、中药制剂研究中心、中药炮制研究中心、中药药代动力学研究中心、中药药理研究中心、生物力药理学研究中心、中药安全评价中心（GLP）、中药注射剂安全性研究中心、中药新药研发中心、中药生物技术研究中心、青蒿素研究中心、中药数据中心、整合中药学研究中心和中药质量控制技术国家工程实验室。拥有4个国家中医药管理局重点学科，5个国家中医药管理局三级中医药科研实验室，1个北京市重点实验室。主办国家级学术期刊《中国中药杂志》、《中国实验方剂学杂志》及科普期刊《家庭中医药》。设有中药学、中西医结合基础硕士研究生、博士研究生培养点及中西医结合基础、中药学博士后流动站。
五十余年的科学研究实践，培养造就了一批从事中药品种鉴定、资源开发、炮制、制剂、化学、质量标准、药理、毒理和文献研究的科技骨干。全所现有职工189人，其中科技人员175人，副教授以上职称科技人员74人。建所以来，先后承担国家级、部局级科研课题近600项，获得国家级科技成果奖励17项，部局级奖53项，院级奖166项。主要科研成果有《抗疟新药青蒿素的研究》、《六味地黄丸预防食管癌的实验和临床研究》、《栝楼属（Trichosathes L）植物的系统演化及其药材的分子鉴定》、《熟大黄炮制新工艺及临床应用的开发研究》等。开发新药31个，其中包括青蒿素及其衍生物、新清宁片、正柴胡饮、猪苓多糖注射液等在国内外有着广泛影响的新药。目前，承担国家重点基础发展规划项目（973项目）、国家863计划课题、国家自然科学基金重点课题、国家科技支撑计划课题、国家科技部国际合作计划课题、国家中医药管理局课题、国际合作课题等，合计约60余项。中国中医科学院中药研究所拥有MP-150型多导生理记录仪（美国Biopac公司）、离体组织孵育系统（美国Biopac公司），高效液相色谱仪（18台）、毛细管电泳仪（2台）、液－质联用仪（4台），气-质联用仪（2台）、气－红联用仪、SPF级动物房，具备从事本项目研究的基本条件。药理室、化学研究室是国家中医药管理局三级实验室，中药质量评价的关键技术研究是中药所主要研究方向之一，其中，尤其重视采用复杂系统建模的方法对中药质量评价研究。
中药研究所构建了中药理论、中药产业关键技术、中药创新药物关键技术等完善的中药基础和应用基础研究、中药新药研发的技术平台。中药理论研究重点进行中药药性理论、方剂配伍原理、炮制原理等研究。中药产业关键技术研究主要围绕中药产业发展中的瓶颈问题，重点进行中药鉴别与质量控制、中药炮制、中药制药工程化以及中药资源的可持续利用等研究，为中药产业现代化提供技术支撑。中药创新药物关键技术研究主要围绕中药新药创制的核心环节，重点进行中药信息与数据挖掘、活性筛选与药效评价、化学提取与分析、中药制剂、中药代谢及安全性评价等共性关键技术的研究。目前承担国家自然科学基金重点课题、国家十二五科技支撑计划课题、国家重大基础性研究计划（973项目）、国家高技术研究发展计划（863计划）、国家重大新药创制、名老中医学术传承课题等251项，已获科研成果奖261项，其中国家级奖19项；开发新药32个,出版中医药著作196部；发表论文4620篇。2011年我所屠呦呦研究员由于在青蒿素研究中的杰出贡献，被授予拉斯克临床医学研究奖。
近年来，中药研究所在高水平论文发表、成果获奖、项目经费、新药研发、企业服务、人才引进、国际合作、环境设备升级等方面均取得了长足的发展。近三年，在国际知名杂志Sci Rep，Biotech. Adv.，PNAS，Bio Rev.，Chemical comm.，International Journal of Cancer，British Journal of Pharmacology等发表SCI论文301篇。一批高水平科研成果获奖，其中包括国家科技进步一等奖、中华中医药学会科学技术一等奖、李时珍医药创新奖、中国中西医结合学会科学技术一等奖、高等学校科学研究优秀成果奖（科学技术）科技进步奖一等奖等，获奖成果水平明显提升。纵向课题经费创历史新高,承担国家各类重大科研项目数量稳步增长。新药研发实现跨越式突破，金柴抗病毒胶囊等新药完成临床或新药申报。横向服务合同额和到位经费快速增长，科研转化能力大幅加强。从美国、英国、德国、荷兰、日本等国际知名大学和研究机构引进一批具有海外研究背景的优秀人才，提高了人才队伍国际化水平，优化梯队结构。与世界卫生组织、美国、奥地利、挪威、日本、中国澳门和中国台湾等80余个国家、地区和国际组织进行科技项目合作和人才交流。完成国际化标准实验室改造，优化科研环境，现拥有600兆核磁共振，LC-MS单四级杆质谱仪，TRAP-MS离子阱质谱仪，高内涵细胞分子影像仪，基因分析仪等一批高性能科研仪器，为开展中药鉴定、制备工艺、生物技术、质量控制、药理毒理等专业研究提供精良的设备保障。现有图书馆藏4万余册。
